日々、経費を支払うと領収書が発行されます。出金をするということは、領収書と必ず対になっておらねばなりません。領収書の発行されない取引については、出金伝票を記入し内容を明記しておくと良いかと思います。

その領収書を現金出納帳に入力・もしくは記載していくことになりますが、入力・もしくは記載が終わった後の領収書はどのように保管されているでしょうか？

領収書は、スクラップブック等の領収書綴りに年度ごとに分けて貼付していくのが最も良い保管方法です。さらに月ごとにページを分け、インデックスを貼って何月分かわかるようにしておき、各月ごと日ごとにページの下から上に向かって順番に貼付していくと後で見返した時にもわかりやすいでしょう。
年度が終わったら領収書綴りも新しいものに代えるようにしましょう。

請求書は、売上・仕入・外注先等、得意先ごとにファイルを作って保管します。
1つの得意先に対して1つのファイルがあれば、その得意先に関連する書類は全てそのファイルの中に保管でき、すぐに探すことができます。
ただし未払いの場合には一時的に別に保管し、支払いが済んだらファイルに綴じる等ルールを決めておくとよいでしょう。

自社で発行している請求書等にも同じことがいえます。

全ての書類について自社できちんとルールを作り、スクラップブックに貼付する、ファイルに綴じる等きちんとした保管を心掛けていきたいものです。